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Relation entre les BPF et les BPE : Les BPF pour la conception d'usines de fabrication pharmaceutique se concentrent sur le contrôle de la qualité du produit pendant le processus de fabrication.
GEP se concentre sur le contrôle qualité du projet pendant la construction. Ce contrôle s'étend au-delà de la construction et couvre l'ensemble du processus, de l'initiation du projet à la conception et à la réception. Sans contrôle global, la maîtrise du processus de construction est vaine ; la construction repose sur la conception, et la conception est déterminée par les besoins des utilisateurs.
Le référentiel GEP constitue le fondement et la garantie de la mise en œuvre des BPF. Les projets conçus et réalisés en respectant scrupuleusement la procédure GEP pour la conception d'usines de fabrication pharmaceutique assurent que le projet final répond pleinement aux exigences des BPF et aux besoins de production, évitant ainsi les défauts de conception ou les dysfonctionnements rencontrés en exploitation. Ceci garantit la bonne application des BPF.
Les projets réalisés conformément aux normes GEP ne donnent pas lieu à un dossier de construction autonome, mais à un rapport structuré de manière logique et conforme aux BPF.