โดยทั่วไปแล้ว ห้องคลีนรูมที่สมบูรณ์แบบจะแบ่งออกเป็นพื้นที่ใช้งานต่างๆ ดังนี้: พื้นที่การผลิตที่สะอาด, พื้นที่ปฏิบัติการปลอดเชื้อ, พื้นที่บรรจุภัณฑ์ภายในและภายนอก, เขตพักเปลี่ยนเสื้อผ้า (ห้องเปลี่ยนเสื้อผ้าห้องแรก, ห้องเปลี่ยนเสื้อผ้าห้องที่สอง, ห้องอาบอากาศ), พื้นที่ทำความสะอาดและฆ่าเชื้อ, พื้นที่จัดเก็บ (วัตถุดิบ, วัสดุบรรจุภัณฑ์, ผลิตภัณฑ์สำเร็จรูป และผลิตภัณฑ์ที่ไม่ได้มาตรฐาน), ห้องปฏิบัติการที่สะอาด, ห้องอุปกรณ์ และพื้นที่บริหารจัดการสำนักงาน