โดยพิจารณาจากฟังก์ชันและระดับความสะอาด ห้องผ่าตัดสามารถแบ่งออกเป็นสองประเภทหลัก ได้แก่ ห้องผ่าตัดสะอาดทั่วไปและห้องผ่าตัดเฉพาะทาง ห้องผ่าตัดสะอาดทั่วไปแบ่งตามมาตรฐาน เช่น ระดับ 100, ระดับ 1000 และระดับ 10,000 ตามระดับความสะอาดของอากาศ และเหมาะสำหรับการผ่าตัดทั่วไป เช่น การผ่าตัดกระดูกและข้อ และการผ่าตัดตา ส่วนห้องผ่าตัดเฉพาะทาง ได้แก่ ห้องผ่าตัดความดันลบ (สำหรับการผ่าตัดโรคติดเชื้อและป้องกันการแพร่กระจายของเชื้อโรค) ห้องผ่าตัดดิจิทัล (ที่บูรณาการระบบการถ่ายภาพและการให้คำปรึกษาทางไกลเพื่อให้เห็นภาพการผ่าตัดและส่งเสริมการทำงานร่วมกันในการสอน) และห้องผ่าตัดเพื่อการรักษาแบบแทรกแซง (ที่ติดตั้งอุปกรณ์ป้องกันรังสีเพื่อทำการผ่าตัดหัวใจและหลอดเลือดและการผ่าตัดระบบประสาทแบบแทรกแซง) เป็นต้น