تُعدّ أنظمة التهوية في مختبرات التخليق العضوي العنصرَ الأعلى تكلفةً والأقل تحملاً للأعطال والأكثر صعوبةً في التحديث ضمن أعمال تجهيز المختبرات الكاملة. وتتلخص أهداف تصميمها الأساسية فيما يلي: 1. تصريف الأبخرة العضوية المتطايرة القابلة للاشتعال والسامة في الوقت المناسب؛ 2. الحفاظ على ضغط سلبي داخلي مستقر لمنع تسرب الروائح إلى المناطق المجاورة؛ 3. الحفاظ على تركيز أبخرة المذيبات العضوية داخل مجاري الهواء أقل من الحد الأدنى للانفجار (LEL)؛ 4. تجنب التقلبات الحادة في درجة الحرارة والرطوبة الداخلية الناتجة عن سحب كميات كبيرة من هواء العادم. يتألف نظام التهوية الكامل من ستة أنظمة فرعية أساسية: تهوية العادم الموضعية (بشكل رئيسي شفاطات الأبخرة)، وعادم الغرفة العام، وإمداد الهواء التعويضي، وأنابيب القنوات، ومعالجة غازات العادم، والتحكم الآلي المتشابك. ويواجه كل نظام فرعي تحديات فريدة في التصميم والإنشاء.