İşlev ve temizlik seviyesine göre ameliyathaneler iki ana kategoriye ayrılabilir: geleneksel temiz ameliyathaneler ve özel ameliyathaneler. Geleneksel temiz ameliyathaneler, hava temizliğine göre Sınıf 100, Sınıf 1000 ve Sınıf 10.000 gibi standartlara göre sınıflandırılır ve genel cerrahi, ortopedi ve oftalmoloji gibi rutin ameliyatlar için uygundur. Özel ameliyathaneler arasında negatif basınçlı ameliyathaneler (bulaşıcı hastalık ameliyatlarında ve mikropların yayılmasını önlemede kullanılır), dijital ameliyathaneler (cerrahi görselleştirme ve eğitim işbirliği sağlamak için görüntüleme ve uzaktan konsültasyon sistemlerini entegre eder) ve girişimsel ameliyathaneler (kardiyovasküler ve nörogirişimsel ameliyatlar yapmak için radyasyon koruma ekipmanıyla donatılmıştır) vb. bulunur.